ร่างสภาอ้างอิงของ จีโนม Psilocybe cubensis (2024)

  • รายการวารสาร
  • F1000 ความละเอียด
  • ข้อ 10; 2021
  • PMC8220353

ในฐานะห้องสมุด NLM จัดให้มีการเข้าถึงวรรณกรรมทางวิทยาศาสตร์ การรวมไว้ในฐานข้อมูล NLM ไม่ได้หมายความถึงการรับรองหรือข้อตกลงกับเนื้อหาโดย NLM หรือสถาบันสุขภาพแห่งชาติ
เรียนรู้เพิ่มเติม:ข้อจำกัดความรับผิดชอบของ PMC-ประกาศเกี่ยวกับลิขสิทธิ์ PMC

ร่างสภาอ้างอิงของจีโนม Psilocybe cubensis (1)

F1000Research

เวอร์ชัน 2F1000 ความละเอียด2021; 10:281.

เผยแพร่ออนไลน์ 2021 15 มิ.ย. ดอย:10.12688/f1000research.51613.2

PMCID:PMC8220353

รุ่นอื่นๆ

PMID:34322225

เควิน แมคเคอร์แนน-แนวความคิด-การดูแลจัดการข้อมูล-ระเบียบวิธี-การบริหารโครงการ-ซอฟต์แวร์-การกำกับดูแล-การเขียน – การเตรียมร่างต้นฉบับ-การเขียน – ทบทวนและแก้ไข-ก,1 เลียม ที. เคน-การดูแลจัดการข้อมูล-ระเบียบวิธี-1 เซธ ครอว์ฟอร์ด-การดูแลจัดการข้อมูล-ระเบียบวิธี-2 เฉิน-ซาน ชิน-ซอฟต์แวร์-3 แอรอน ทริปเป-การดูแลจัดการข้อมูล-ระเบียบวิธี-2และสตีเฟน แม็คลาฟลิน-การดูแลจัดการข้อมูล-การวิเคราะห์อย่างเป็นทางการ-ซอฟต์แวร์1

ข้อมูลผู้เขียน หมายเหตุบทความ ข้อมูลลิขสิทธิ์และใบอนุญาต ข้อจำกัดความรับผิดชอบของ PMC

ข้อมูลที่เกี่ยวข้อง

คำชี้แจงความพร้อมของข้อมูล

การเปลี่ยนแปลงเวอร์ชัน

แก้ไขแล้ว การแก้ไขจากเวอร์ชัน 1

เพื่อตอบความคิดเห็นที่เป็นประโยชน์ของผู้วิจารณ์

  1. เราได้รวมคำอธิบายเพิ่มเติมเกี่ยวกับการเรียก SNP รวมถึงเวอร์ชัน Github ของโค้ดที่เรียกใช้เพื่อสร้างสิ่งนี้ได้

  2. เราได้ขยายการวิเคราะห์เพื่อรวมการเรียกตัวแปรบนการอ่าน HiFi ที่แมปกลับไปยังการอ้างอิงของตนเอง และในการทำเช่นนั้นได้เรียกคืน SNP จากสายพันธุ์ที่ไม่รู้จัก MGC ที่แมปกับการอ้างอิง P.envy โดยใช้รหัสเดียวกันสำหรับการเปรียบเทียบที่มีการควบคุม สิ่งนี้ใช้ประโยชน์จากผู้เรียกตัวแปรที่แตกต่างกันและสร้างตัวแปรเพิ่มเติม

  3. เราได้ปรับปรุงการอ่านแทร็กรูป

  4. ปรับภาษาของชื่อเรื่อง หมายเลขเห็ด และการพิมพ์ผิดของ Fungi และ Fungus

  5. กล่าวถึงการเจริญเติบโตของ Anexic และความกังวลเรื่องการปนเปื้อนของแบคทีเรีย

  6. ชี้แจงการอ้างอิงเหล่านี้เป็นการส่ง /NCBISRA ซึ่งปัจจุบันไม่มีสิ่งพิมพ์ DOI ที่เกี่ยวข้อง

  7. เราได้ชี้แจงข้อความเพื่อเน้นย้ำความสำคัญของรูปแบบอื่นๆ ใน Pathways เราได้รวมข้อมูลอ้างอิงที่เขาแนะนำไว้ที่นี่ และเพิ่มลิงก์ไปยังไฟล์ SNPeff ที่สามารถใช้เพื่อเปรียบเทียบรูปแบบเหล่านี้กับรายการที่เขาระบุไว้

  8. ในการดำเนินการเรียก SNP บน HiFi อ่านการแมปกลับไปยังข้อมูลอ้างอิง เราสังเกตว่า 98% ของตัวแปรที่พบนั้นเป็นตัวแปรเฮเทอโรไซกัสที่มีอัลลีลที่สมดุล แผนที่ความครอบคลุมสามารถดูได้ในเบราว์เซอร์จีโนม CoGe ที่มีให้เพื่อตอบคำถามเพิ่มเติมเกี่ยวกับนิวเคลียส aneuploidy/หลายนิวเคลียส แต่การครอบคลุมสำหรับโครงทั้งหมดมีความสอดคล้องมากกับข้อยกเว้นของ scaffold_26 ซึ่งเป็นไมโตคอนเดรีย

สรุปการทบทวนโดยเพื่อน

วันที่ตรวจสอบชื่อผู้วิจารณ์ตรวจสอบเวอร์ชันแล้วตรวจสอบสถานะ
22 มิ.ย. 2021เจสัน สล็อตเวอร์ชัน 2ที่ได้รับการอนุมัติ
21 พฤษภาคม 2021ฟิลิปเป้ อองรี และอันเดอร์ส กอนซาลเวส ดา ซิลวาเวอร์ชัน 1ที่ได้รับการอนุมัติ
26 เม.ย. 2021เจสัน สล็อตเวอร์ชัน 1ได้รับการอนุมัติด้วยการจอง

เชิงนามธรรม

เราอธิบายการใช้ลำดับโมเลกุลเดี่ยวที่มีความเที่ยงตรงสูงเพื่อประกอบจีโนมของสารออกฤทธิ์ทางจิตPsilocybe cubensisเห็ด. จีโนมคือ 46.6Mb, 46% GC และใน 32 contigs โดยมี N50 เป็น 3.3Mb คะแนนความสมบูรณ์ของ BUSCO คือ 97.6% โดยมีคะแนนซ้ำ 1.2% คลัสเตอร์การสังเคราะห์ Psilocybin มีอยู่ใน contig 3.2Mb เดียว ชุดข้อมูลนี้หาได้จาก NCBI BioProject พร้อมการเข้าถึงPRJNA687911และPRJNA700437-

คำสำคัญ:Psilocybe cubensis, จีโนม, การหาลำดับโมเลกุลเดี่ยว, Psilocybin

การแนะนำ

มีเห็ดหลายร้อยชนิดที่สามารถสังเคราะห์สารแอลเอสเอที่ออกฤทธิ์ทางจิตได้ สารประกอบนี้ได้รับการจัดประเภทเป็น "การบำบัดแบบก้าวหน้า" สำหรับภาวะซึมเศร้าโดย FDA (จอห์นสันและกริฟฟิธส์ 2017- ทางเดินแอลเอสถูกระบุโดย Fricke และคณะ แต่จนถึงขณะนี้ยังไม่มีการอ้างอิงสาธารณะใน NCBI ที่มี N50 ยาวกว่า 50kb (ฟริก และคณะ 2017-บลาย และคณะ 2018-ฟริก และคณะ 2019ก-ฟริก และคณะ 2019ข-บลาย และคณะ 2020-เดมม์เลอร์ และคณะ 2020-ฟริก และคณะ 2020- การประกอบจีโนมที่อยู่ติดกันมากขึ้นสามารถช่วยในการแก้ไขความหลากหลายทางพันธุกรรมในการผลิตสารทุติยภูมิของเชื้อราเพิ่มเติม

วิธีการ

การแยกดีเอ็นเอ

ลำต้นแห้งจากPsilocybe cubensisสายพันธุ์ P.envy ชื่อสายพันธุ์เป็นรายงานโดยสรุปว่ามีการปลูกแบบ axenically (ไม่ทราบเงื่อนไข) และได้รับใน Somerville, MA, US ตัวอย่างเหล่านี้ถูกใช้สำหรับการแยก DNA ที่มีน้ำหนักโมเลกุลสูง (HMW) โดยใช้ CTAB/คลอโรฟอร์มและเกณฑ์วิธี SPRI ที่ถูกดัดแปลง โดยสรุป ตัวอย่างก้าน 300 มก. ถูกบดให้เป็นผงละเอียดโดยใช้ครกและสากแช่แข็งที่มีอุณหภูมิ -80C จากนั้นผง 150 มิลลิกรัมถูกแบ่งส่วนลงในหลอดรูปกรวย 2 มล. (USA Scientific) พร้อมด้วยเซทริโมเนียม โบรไมด์ 1.5 มล. จากนั้นนำหลอดเหล่านี้ไปบ่มที่อุณหภูมิห้องบนเครื่องหมุนท่อเป็นเวลา 10 นาที จากนั้นเติม RNase A 6 ไมโครลิตร (โพรเมกา 4 มก./มล.) และทั้งสองหลอดถูกบ่มที่ 37°C เป็นเวลาหนึ่งชั่วโมง โดยหมุนวนทุกๆ 15 นาที หลังจากการบ่มนี้ โปรตีเนส K 7.5 ไมโครลิตร (นิวอิงแลนด์ไบโอแล็บ 20 มก./มล.) ถูกเติมและหลอดถูกบ่มที่ 60°C เป็นเวลา 30 นาที โดยหมุนวนทุกๆ 10 นาที ที่การสิ้นสุดของการฟักตัวของโปรตีเนส K หลอดทั้งสองถูกบ่มบนน้ำแข็งเป็นเวลา 10 นาที จากนั้นตัวอย่างถูกปั่นเหวี่ยงเป็นเวลา 5 นาทีที่ 14000 รอบต่อนาที ส่วนลอยเหนือตะกอน 600 ไมโครลิตรถูกดึงออกจากแต่ละหลอดและเติมไปยังคลอโรฟอร์ม 600 ไมโครลิตร จากนั้นหลอดจะถูกหมุนวนจนทึบแสงและหมุนเป็นเวลา 5 นาทีที่ 14000 รอบต่อนาที 400 ไมโครลิตรของชั้นที่มีน้ำถูกดึงออกโดยใช้ปลายเจาะกว้างและเติมลงในหลอดเอพเพนดอร์ฟขนาด 1.5 มล. สารละลาย B 400 uL MIP (ผลิตภัณฑ์ที่ผสมกัญชา) และเม็ดบีดการจับ DNA 400 uL (จีโนมิกส์ทางการแพทย์ PN 420004) ถูกเติมลงในหลอดเอพเพนดอร์ฟและกลับด้านเพื่อทำให้เป็นเนื้อเดียวกัน ต่อจากนั้นหลอดถูกบ่มที่อุณหภูมิห้องบนตัวหมุนท่อเป็นเวลา 15 นาที จากนั้นนำท่อออกจากตัวหมุนและวางบนชั้นวางหลอดแม่เหล็กเป็นเวลา 3 นาที ส่วนลอยเหนือตะกอนถูกเอาออก, เม็ดบีดถูกล้างสองครั้งด้วย 1 มิลลิลิตรของเอธานอล 70% และปล่อยให้แห้งเป็นเวลา 5 นาที ต่อจากนั้นเม็ดบีดถูกชะใน 100 ไมโครลิตร ของบัฟเฟอร์การชะ 56°C (จีโนมทางการแพทย์ PN 420004) โดยใช้ปลายเจาะกว้างและบ่มที่ 56°C เป็นเวลา 5 นาที หลังจากการฟักตัว หลอดต่างๆ จะถูกส่งกลับไปยังชั้นวางแม่เหล็ก ส่วนเหนือตะกอนของหลอดทั้งสองถูกเอาออกโดยใช้ปลายเจาะกว้างและรวมไว้ในหลอด Eppendorf ใหม่ ความยาวดีเอ็นเอ HMW ถูกหาปริมาณบน Agilent TapeStation และสร้าง DIN เท่ากับ 8.1 คิวบิต ฟลูออโรมิเตอร์ (เทอร์โม ฟิชเชอร์ ไซแอนทิฟิค) วัดปริมาณ 55ng/ul นาโนดรอปสเปกโตรโฟโตมิเตอร์ (Thermo Fisher Scientific) หาปริมาณ 104ng/ul ด้วยอัตราส่วน 260/280nm ที่ 1.85 และ 260/230nm ที่ 0.95

การเรียงลำดับ

ไลบรารีลำดับถูกสร้างขึ้นตามคำแนะนำของผู้ผลิตสำหรับการจัดลำดับ HiFi ของ Pacific Biosciences Sequel II สร้างการอ่าน CCS 773,735 ครั้งควอสท์-กูเรวิช และคณะ 2013) ถูกนำมาใช้เพื่อประเมินคุณภาพของไฟล์ลำดับอินพุต fasta (N50 = 13.9Kb) และไฟล์ fasta ชุดประกอบเอาต์พุต (3.33Mb N50)

การประกอบและคำอธิบายประกอบ

ข้อมูล CCS ที่ไม่ถูกกรองถูกประกอบขึ้นโดยใช้ช่างประกอบเพเรกริน(pg_asm 0.3.5,arm_config5e69f3d+) (ชิน 2019- การอ่านถูกประกอบเป็น 32 contigs ที่มีความยาวตั้งแต่ 32 กิโลกรัมถึง 4.6 เมกะไบต์ (รูปที่ 1- ชุดประกอบ Peregrine ต้องมีการอ่าน HiFi อย่างน้อย 2 ครั้งจึงจะทับซ้อนกันอย่างมากจึงทำให้เกิดการติดเชื้อ และด้วยเหตุนี้ เราไม่สังเกตเห็นการปนเปื้อนของแบคทีเรียในชุดประกอบค้นหาคะแนนความสมบูรณ์ v3.0.2 (97.6%) ถูกวัดโดยใช้agaricales_odb10.2020-08-05 ฐานข้อมูลเชื้อสาย BUSCO-ตารางที่ 1-ซือเหมา และคณะ 2558-วอเตอร์เฮาส์ และคณะ 2018-สนุกคำอธิบายประกอบเวอร์ชัน 1.8.4 ถูกใช้เพื่ออธิบายประกอบจีโนม (หลี่และหวัง 2021) ส่งผลให้มียีนถึง 13,478 ยีน

เปิดในหน้าต่างแยกต่างหาก

รูปที่ 1.

Psilocybe cubensis P.envy contig การกระจายความยาว (n = 32)

ตารางที่ 1.

คะแนนความสมบูรณ์ของ BUSCO โดยใช้ agaricales_odb10.2020-08-05

รวม BUSCOสำเนาเดียวทำซ้ำกระจัดกระจายหายไป
3870372945987
97.60%96.40%1.20%0.20%2.20%

เปิดในหน้าต่างแยกต่างหาก

การประกอบจีโนมครั้งสุดท้ายนั้นสอดคล้องกับสาธารณะอีกสามคนPsilocybe cubensisชุดข้อมูล (ฟริก และคณะ 2017-ทอร์เรนส์-สเปนซ์ และคณะ 2018-เรย์โนลด์ส และคณะ 2018) และอีกรายการหนึ่งที่แตกต่างกันไซโลไซบีสายพันธุ์ (Psilocybe ไซยาเนสเซน)เพื่อตรวจสอบการระบุอนุกรมวิธาน (ตารางที่ 2- โดยรวมแล้ว 96-98.75% ของสิ่งเหล่านี้Psilocybe cubensisลำดับสอดคล้องกับไฮไฟใหม่ที่สร้างขึ้นPsilocybe cubensisอ้างอิง P.envy โดยใช้แผนที่ย่อ2และบวา-เมม-หลี่และเดอร์บิน 2010-หลี่ 2018- อัตราการทำแผนที่ถูกกำหนดโดยใช้samtools flagstatในไฟล์แบม (ลีและคณะ 2552- การจัดตำแหน่งถูกมองเห็นด้วยมัมเมอร์V4.0.0beta2 และโปรแกรมดูจีโนมเชิงบูรณาการเวอร์ชัน 2.4.16 (เดลเชอร์ และคณะ 2546-โรบินสัน และคณะ 2554-Thorvaldsdottir และคณะ 2013-

ตารางที่ 2.

สามPsilocybe cubensisชุดข้อมูลใน NCBI และ JGI ได้รับการจัดแนวให้สอดคล้องกับการอ้างอิง P.envy HiFi

Psilocybe สายพันธุ์ที่แตกต่างกัน (Psilocybe ไซยาเนสเซน) จีโนมยังถูกแมปด้วยประสิทธิภาพการทำแผนที่ที่ต่ำกว่ามาก

ผู้เขียนภาคยานุวัติประเภทข้อมูลอัตราการทำแผนที่เครื่องมือสายพันธุ์
ฟริก และคณะ 2017https://mycocosm.jgi.doe.gov/Psicub1_1/Psicub1_1.home.htmlสภาอิลลูมินา98.8%แผนที่ย่อ2พี. คิวเบนซิส
แมคเคอร์แนน และคณะ 2020โครงการ กสทช.:PRJNA687911อิลลูมินา ฟาสต์คิว96.0%บวา-เมมพี. คิวเบนซิส
ทอร์เรนส์-สเปนซ์ และคณะ 2018โครงการ กสทช.:PRJNA450675การประกอบ RAN-Seq98.5%แผนที่ย่อ2พี. คิวเบนซิส
เรย์โนลด์ส และคณะ 2018โครงการ กสทช.:PRJNA387735สภาอิลลูมินา56.8%แผนที่ย่อ2P. ไซยาเนสเซน

เปิดในหน้าต่างแยกต่างหาก

ชุดประกอบจีโนมของอิลลูมินาสามชุด (Reynolds และคณะ, McKernan และคณะ, Fricke และคณะ) ได้รับการจัดตำแหน่งเพิ่มเติมโดยใช้ MUMmer สำหรับแผนการจัดตำแหน่งจีโนมทั้งหมด (รูปที่ 2-

เปิดในหน้าต่างแยกต่างหาก

การจัดตำแหน่งจีโนมทั้งหมดของชุดประกอบ Illumina ที่อ่านสั้น ๆPsilocybe cubensisสายพันธุ์พีอิจฉา

ซ้ายคือPsilocybe ไซยาเนสเซนจากเรย์โนลด์ส และคณะ ตรงกลางคือ McKernan และคณะ (MGC) ชุดประกอบอิลลูมินา ขวาคือ Fricke และคณะ หรือการประกอบ JGI

ความหลากหลาย

ข้อมูลปืนลูกซองทั้งจีโนมของ Illumina (McKernan และคณะ โครงการ NCBI: PRJNA687911) ถูกแมปกับชุดอ้างอิง P. envy HiFi โดยใช้ bwa-mem (เวอร์ชัน 0.7.17-r1188), samtools (เวอร์ชัน 1.8) จัดเรียงด้วย sambaba (เวอร์ชัน 0.6 .7) และตัวแปรถูกระบุโดยใช้ GATK HaplotypeCaller (เวอร์ชัน 4.1.6.0) พร้อมอาร์กิวเมนต์เริ่มต้น คำอธิบายประกอบจากสนุกไปป์ไลน์ถูกแปลงจากรูปแบบ gff3 เป็นฐานข้อมูล SnpEff (เวอร์ชัน 4.3t 2017-11-24) ตามที่อธิบายไว้ที่นี่ (https://pcingola.github.io/SnpEff/se_buildingdb/) และตัวแปรที่ออกมาจาก HaplotypeCaller ได้รับการใส่คำอธิบายประกอบ ตัวแปร 553,716 รายการ (SNP 471,443 รายการและการแทรกและการลบขนาดเล็ก 82,273 รายการ) ถูกเรียกและใส่คำอธิบายประกอบซึ่งเท่ากับ aSNP ทุกๆ 99bp และตัวแปรทุกๆ 83bp รวมถึง indels ในจำนวนนี้ 375,896 (67.9%) เป็นเฮเทอโรไซกัส และ 177,820 (32.1%) เป็นโฮโมไซกัส โดยมีอัตราส่วนเพียงมากกว่า 2 ต่อ 1 ตัวแปรเฮเทอโรไซกัส:โฮโมไซกัส สุดท้ายนี้ จากการตรวจสอบคุณภาพ การอ่านปืนลูกซองที่แก้ไขโดย Pacific Biosciences CCS ดั้งเดิมจะถูกแมปกลับไป ถึงการอ้างอิงด้วย minimap2 (เวอร์ชัน 2.17-r941) และตัวแปรถูกเรียกอีกครั้งโดยใช้ GATK HaplotypeCaller มีการระบุแวเรียนต์ทั้งหมด 15,963 รายการ และ 15,674 (98.2%) เป็นเฮเทอโรไซกัส โดยมีเพียง 289 แวเรียนต์โฮโมไซกัสที่ถูกเรียก ปืนลูกซองจีโนมทั้งหมดอ่านการแมปกลับไปยังการอ้างอิงที่เป็นเอกฉันท์ควรสร้างการเรียกแบบเฮเทอโรไซกัสเป็นส่วนใหญ่ในสิ่งมีชีวิตซ้ำ สคริปต์ที่ใช้สำหรับการเรียกรูปแบบต่างๆ อยู่ใน GitHub และอธิบายไว้ในส่วนความพร้อมใช้งานของข้อมูล

การเปลี่ยนแปลงโครงสร้าง

ยีน N-methyltransferase ที่รับผิดชอบในการผลิต Psilocybin ใน P.envy มีการเปลี่ยนแปลงทางโครงสร้างที่ไม่เคยเห็นมาก่อนพี. คิวเบนซิสแบบสำรวจ (รูปที่ 3- อิลลูมินาอ่านแผนที่ของ McKernan และคณะพี. คิวเบนซิสการประกอบใน NCBI (โครงการ NCBI: PRJNA687911) สาธิตการอ่านหลายคู่ซึ่งครอบคลุมการแทรก 4.6kb ใน HiFiพี. คิวเบนซิสสายพันธุ์ P.envy (การส่ง SRA SRP299420) การแทรกนี้จะขยายส่วนปลาย 3 'ของยีน P.envy N-methyltransferase การแทรกขนาด 4.6kb ยังถูกมองว่าเป็นการลบในPsilocybe ไซยาเนสเซนและเป็นการลบข้อมูล RNA-Seq จาก Torrens-Spence และคณะ (โครงการ กสทช.: PRJNA450675) (เรย์โนลด์ส และคณะ 2018- SNP อื่นๆ ก็มีอยู่ในยีนเหล่านี้เช่นกัน และควรได้รับการพิจารณาในบริบทของการลบนี้ จำเป็นต้องมีการทำงานเพิ่มเติมเพื่อทำความเข้าใจความสำคัญทางชีวภาพของการเปลี่ยนแปลงนี้

เปิดในหน้าต่างแยกต่างหาก

รูปที่ 3.

การแสดง IGV ของ Illumina อ่านแมปกับ HiFiPsilocybe cubensisพี.เอ็นวี่ แอสเซมบลี.

แทร็กยอดนิยมคือ Medicinal Genomics Illumina ข้อมูลปืนลูกซองจีโนมทั้งหมดที่แตกต่างกันพี. คิวเบนซิส(ไม่ทราบชื่อสายพันธุ์: โครงการ NCBI: PRJNA687911) แมปกับไฮไฟพี. คิวเบนซิสสายพันธุ์ P.envy แทร็กที่สองมีข้อมูล RNA-Seq จากแทร็กที่สามพี. คิวเบนซิสจีโนม (ไม่ทราบชื่อสายพันธุ์: โครงการ NCBI: PRJNA450675) โฮสต์ที่ JGI แทร็คที่สามคือPsilocybe ไซยาเนสเซนจีโนมแมปกับไฮไฟพี. คิวเบนซิสจีโนมอ้างอิง P.envy แทร็กที่สี่คือคำอธิบายประกอบ FunAnnotate GFF3 ของไฮไฟพี. คิวเบนซิสจีโนม P.envy

ข้อสรุป

ที่มีความต่อเนื่องกันอย่างมากPsilocybe cubensisจีโนมได้ถูกสร้างขึ้น ความยาวของข้อต่อ N50 จะต่อเนื่องกันมากกว่าชุดประกอบที่มีอยู่ที่ JGI ถึง 75 เท่า ข้อมูลอ้างอิงนี้สามารถช่วยในการระบุความแปรปรวนทางพันธุกรรมที่อาจส่งผลต่อการผลิตแอลเอสแอล, แอลเอสโลซิน, นอร์ไซโลซิน, เบโอซิสติน, นอร์แบโอซิสติน และแอรูจินาสซิน

ความพร้อมใช้งานของข้อมูล

GenBank: สายพันธุ์ Psilocybe cubensis MGC-MH-2018, โครงการหาลำดับปืนลูกซองจีโนมทั้งหมด, หมายเลขภาคยานุวัติ JAFIQS000000000.1:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/JAFIQS000000000.1/-

โครงการชีวภาพ: Psilocybe cubensis, เลขทะเบียน PRJNA687911:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA687911

โครงการชีวภาพ: สายพันธุ์ Psilocybe cubensis: MGC-MH-2018, หมายเลขภาคยานุวัติ PRJNA700437:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA700437

เบราว์เซอร์จีโนม CoGe: Psilocybe cubensis (Psilocybe cubensis P.envy)https://genomevolution.org/coge/GenomeInfo.pl?gid=60487

สคริปต์การเรียกตัวแปร:https://github.com/mclaugsf/mgc-public/tree/master/f1000_10-281- รายการสุดท้ายของรูปแบบที่มีคำอธิบายประกอบและไฟล์เอาต์พุต SnpEff ที่มาพร้อมกันมีอยู่ที่นี่ (https://github.com/mclaugsf/mgc-public/tree/master/f1000_10-281/nextflow/annotated-variants- ไฟล์ gff3 ที่ใช้ในการแสดงคำอธิบายประกอบ SnpEff พร้อมให้ดาวน์โหลดแล้ว (https://github.com/mclaugsf/mgc-public/blob/master/f1000_10-281/gff/P-Envy-05-25-2021.gff3.gz) รวมถึงเวิร์กโฟลว์ Dockerized ที่เขียนในโฟลว์ถัดไปที่ใช้ในการทำแผนที่ การเรียกตัวแปร และการวิเคราะห์คำอธิบายประกอบ (https://github.com/mclaugsf/mgc-public/tree/master/f1000_10-281/nextflow-

หมายเหตุ

[เวอร์ชัน 2; การทบทวนโดยเพื่อน: อนุมัติแล้ว 2 รายการ]

คำชี้แจงการระดมทุน

ผู้เขียนประกาศว่าไม่มีทุนสนับสนุนในการสนับสนุนงานนี้

อ้างอิง

  • อาวัน:วิวัฒนาการมาบรรจบกันของการสังเคราะห์ทางชีวภาพของแอลเอสโดยเห็ดประสาทหลอนBioRXIV.2018 10.1101/374199 [CrossRef--Google Scholar-
  • Blei F, Baldeweg F, Fricke J และคณะการผลิตตัวเร่งปฏิกิริยาทางชีวภาพของไซโลไซบินและอนุพันธ์ในปฏิกิริยาที่ได้รับการปรับปรุงด้วยโพรไบโอซินเทสเคมี.2018. 10.1002/chem.201801047 [ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Blei F, Dorner S, Fricke J และคณะ:การผลิต Psilocybin และค็อกเทลของสารยับยั้ง beta-carboline Monoamine Oxidase พร้อมกันในเห็ด "Magic"เคมี.2020;26:729–734. 10.1002/chem.201904363-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • ชิน ซีเอส:การประกอบจีโนมมนุษย์ใน 100 นาทีbioRxiv.2019 10.1101/705616 [CrossRef-
  • เดลเชอร์ อัล, ซาลซ์เบิร์ก SL, ฟิลลิปปี AM:การใช้ MUmmer เพื่อระบุขอบเขตที่คล้ายกันในชุดลำดับขนาดใหญ่Curr Protoc ชีวสารสนเทศศาสตร์2546;บทที่ 10:หน่วยที่ 10 13. [ผับเมด--Google Scholar-
  • เดมม์เลอร์ อาร์, ฟริกเค เจ, ดอร์เนอร์ เอส และคณะ:การกอบกู้ S-Adenosyl-l-Methionine ส่งผลกระทบต่อการก่อตัวของ Psilocybin ในเห็ด "Magic"เคมบิโอเคม.2020;21:1364–1371. 10.1002/cbic.201900649-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • ฟริกเก้ เจ, ไบล เอฟ, ฮอฟฟ์ไมสเตอร์ ดี:การสังเคราะห์เอนไซม์ของไซโลไซบินเคมีประยุกต์.2560;56:12352–12355. 10.1002/anie.201705489 [ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Fricke J, Kargbo R, Regestein L, และคณะ:เส้นทางไฮบริดสังเคราะห์/ตัวเร่งปฏิกิริยาทางชีวภาพที่ปรับขนาดได้ไปยัง Psilocybinเคมี.2020;26:8281–8285. 10.1002/chem.202000134-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Fricke J, Lenz C, Wick J และคณะ:ตัวเลือกการผลิตสำหรับ Psilocybin: Making of the Magicเคมี.2019ก;25:897–903. 10.1002/chem.201802758 [ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Fricke J, Sherwood A, Kargbo R และคณะ:เส้นทางของเอนไซม์ไปสู่ ​​6-Methylated Baeocystin และ Psilocybinเคมบิโอเคม.2019b;20:2824–2829. 10.1002/cbic.201900358 [ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Gurevich A, Saveliev V, Vyahhi N และคณะ:QUAST: เครื่องมือประเมินคุณภาพสำหรับการประกอบจีโนมชีวสารสนเทศศาสตร์2556;29:1072–1075. 10.1093/ชีวสารสนเทศศาสตร์/btt086-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • จอห์นสัน เมกะวัตต์, กริฟฟิธส์ RR:ผลการรักษาที่เป็นไปได้ของ Psilocybinยารักษาโรคประสาท2560;14:734–740. 10.1007/s13311-017-0542-y-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • ลี เอช:Minimap2: การจัดตำแหน่งคู่สำหรับลำดับนิวคลีโอไทด์ชีวสารสนเทศศาสตร์2561;34:3094–3100. 10.1093/ชีวสารสนเทศศาสตร์/bty191-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • ลี เอช, เดอร์บิน อาร์:การจัดแนวการอ่านแบบยาวที่รวดเร็วและแม่นยำด้วยการแปลง Burrows-Wheelerชีวสารสนเทศศาสตร์2553;26:589–595. 10.1093/ชีวสารสนเทศศาสตร์/btp698-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Li H, Handsaker B, Wysoker A และคณะ:รูปแบบการจัดตำแหน่ง/แผนที่และ SAMtoolsชีวสารสนเทศศาสตร์2552;25:2078–2079. 10.1093/ชีวสารสนเทศศาสตร์/btp352-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • หลี่ WC, วัง TF:การจัดลำดับแบบอ่านยาวของ PacBio การประกอบ และการบันทึกหมายเหตุแบบ Funannotate ของจีโนมที่สมบูรณ์ของ Trichoderma reesei QM6aวิธีการ โมล ไบโอล2021;2234:311–329. 10.1007/978-1-0716-1048-0_21 [ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Reynolds HT, Vijayakumar V, Gluck-Thaler E และคณะ:การถ่ายโอนกลุ่มยีนแนวนอนเพิ่มความหลากหลายของเห็ดประสาทหลอนอีโว เล็ตต์.2561;2:88–101. 10.1002/evl3.42-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Robinson JT, Thorvaldsdottir H, Winckler W และคณะ:โปรแกรมดูจีโนมเชิงบูรณาการแนท ไบโอเทคโนล.2554;29:24–26. 10.1038/nbt.1754-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • ซิเมา เอฟเอ, วอเตอร์เฮาส์ อาร์เอ็ม, อิโออันนิดิส พี และคณะ:BUSCO: การประเมินการประกอบจีโนมและความสมบูรณ์ของคำอธิบายประกอบด้วย orthologs สำเนาเดียวชีวสารสนเทศศาสตร์2558;31:3210–3212. 10.1093/ชีวสารสนเทศศาสตร์/btv351 [ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Thorvaldsdottir H, โรบินสัน เจที, เมซิรอฟ เจพี:Integrative Genomics Viewer (IGV): การแสดงและการสำรวจข้อมูลจีโนมิกส์ประสิทธิภาพสูงข้อมูลชีวภาพโดยย่อ2556;14:178–192. 10.1093/bib/bbs017-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • ทอร์เรนส์-สเปนซ์ ส.ส., Liu CT, Pluskal T และคณะ:การสังเคราะห์โมโนเอมีนผ่านดีคาร์บอกซิเลสของกรดอะมิโนอะโรมาติกที่เปิดใช้งานแคลเซียมแบบไม่เป็นที่ยอมรับในเห็ด Psilocybinเอซีเอส เคม ไบโอล2561;13:3343–3353. 10.1021/acschembio.8b00821 [ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-
  • Waterhouse RM, Seppey M, Simao FA และคณะ:การใช้งาน BUSCO ตั้งแต่การประเมินคุณภาพไปจนถึงการทำนายยีนและสายวิวัฒนาการโมล บิออล อีโวล2561;35:543–548. 10.1093/molbev/msx319-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-

เจสัน สล็อต-ผู้ตัดสิน1

1ภาควิชาโรคพืช, The Ohio State University, โคลัมบัส, โอไฮโอ, สหรัฐอเมริกา

การแข่งขันความสนใจ:ไม่มีการเปิดเผยผลประโยชน์ที่แข่งขันกัน

วันที่ตรวจสอบ: 2021 22 มิ.ย. สถานะ: อนุมัติแล้วดอย:10.5256/f1000research.57314.r87516

ลิขสิทธิ์: © 2021 Slot J

นี่เป็นรายงานการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิที่เข้าถึงได้แบบเปิดซึ่งเผยแพร่ภายใต้เงื่อนไขของ Creative Commons Attribution Licence ซึ่งอนุญาตให้ใช้ แจกจ่าย และทำซ้ำได้อย่างไม่จำกัดในสื่อใดๆ โดยมีเงื่อนไขว่างานต้นฉบับได้รับการอ้างอิงอย่างถูกต้อง

ผู้เขียนได้ให้การเปลี่ยนแปลงความคิดเห็นทั้งหมดและร้องขอการแก้ไขและฉันถือว่าความคิดเห็นทั้งหมดเป็นที่ยอมรับและปรับปรุงต้นฉบับให้ดีขึ้นมาก ยังมีข้อผิดพลาดอยู่ประการหนึ่งที่ผู้เขียนอาจต้องการแก้ไข: ในส่วนสุดท้ายของส่วน Polymorphisms คำว่า "utilized for" ควรแทนที่ "utilized to for"

มีรายละเอียดวิธีการและวัสดุเพียงพอที่จะทำให้ผู้อื่นสามารถทำซ้ำได้หรือไม่?

บางส่วน

เหตุผลในการสร้างชุดข้อมูลอธิบายไว้ชัดเจนหรือไม่

ใช่

ชุดข้อมูลมีการนำเสนออย่างชัดเจนในรูปแบบที่ใช้งานได้และเข้าถึงได้หรือไม่

บางส่วน

โปรโตคอลมีความเหมาะสมและงานนั้นดีทางเทคนิคหรือไม่?

ใช่

ความเชี่ยวชาญของผู้ตรวจสอบ:

นิเวศวิทยาของเชื้อรา จีโนมิกของจุลินทรีย์ วิวัฒนาการ เมแทบอลิซึม

ฉันยืนยันว่าฉันได้อ่านข้อเสนอนี้แล้ว และเชื่อว่าฉันมีความเชี่ยวชาญในระดับที่เหมาะสมเพื่อยืนยันว่ามีมาตรฐานทางวิทยาศาสตร์ที่ยอมรับได้

ฟิลิปป์ เฮนรี-ผู้ตัดสิน2,3และอันเดอร์ส กอนซาลเวส ดา ซิลวา-กรรมการร่วม1

1Lighthouse Genomics Inc., บริติชโคลัมเบีย, แคนาดา

2Egret Bioscience Ltd., เวสต์คีโลว์นา, แคนาดา

3Lighthouse Genomics Inc., BC, แคนาดา

การแข่งขันความสนใจ:ไม่มีการเปิดเผยผลประโยชน์ที่แข่งขันกัน

วันที่ตรวจสอบ: 2021 21 พฤษภาคม สถานะ: อนุมัติแล้วดอย:10.5256/f1000การวิจัย54802.r83076

ลิขสิทธิ์: © 2021 กอนซาลเว ดา ซิลวา เอ และ เฮนรี พี

นี่เป็นรายงานการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิที่เข้าถึงได้แบบเปิดซึ่งเผยแพร่ภายใต้เงื่อนไขของ Creative Commons Attribution Licence ซึ่งอนุญาตให้ใช้ แจกจ่าย และทำซ้ำได้อย่างไม่จำกัดในสื่อใดๆ โดยมีเงื่อนไขว่างานต้นฉบับได้รับการอ้างอิงอย่างถูกต้อง

McKernan และเพื่อนร่วมงานนำเสนอร่างจีโนมที่ต่อเนื่องกันมากชุดแรกสำหรับเห็ดวิเศษPsilocybe cubensis- เราขอชื่นชมการใช้ลำดับการอ่านที่ยาวนานที่มีความแม่นยำสูงและไปป์ไลน์ชีวสารสนเทศศาสตร์ขั้นสูงเพื่อสร้างภาพที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้นของพี. คิวเบนซิสจีโนมและเพื่อให้เปิดเผยต่อสาธารณะโดยสัญญาว่าจะมีสถาปัตยกรรมทางพันธุกรรมของการแสดงออกของทริปตามีนในเห็ดวิเศษ

วิธีการที่ใช้มีความทันสมัยและผู้เขียนให้การเข้าถึงข้อมูลอย่างเพียงพอเพื่อให้เพื่อนและสาธารณชนสามารถจำลองการทดลองได้ แม้ว่าพวกเขาจะรับทราบว่าแนวทางการจัดลำดับไฮไฟมาพร้อมกับข้อได้เปรียบที่ยอดเยี่ยม โดยเฉพาะอย่างยิ่งการปรับปรุงความต่อเนื่องและคะแนนความสมบูรณ์ของ BUSCO อย่างมาก เมื่อเทียบกับรุ่นอื่นๆพี. คิวเบนซิสจีโนมที่เผยแพร่จนถึงปัจจุบัน ผู้เขียนไม่ทราบว่าเชื้อราสามารถมีนิวเคลียสได้หลายเซลล์ในเซลล์ บางครั้งอาจมี haplotypes ที่แตกต่างกันโดยสิ้นเชิง ดังนั้นเราจึงตั้งสมมติฐานว่าการประกอบของพวกเขาอาจเป็นการประกอบ metagenome แทนที่จะเป็นการประกอบของจีโนมเดียว ดังนั้นจึงเป็นคำอธิบายทางเลือกสำหรับการแทรกขนาดใหญ่ที่ตรวจพบในยีน norbaeocystin methyltranferase (psiM)

บางทีวิธีการแก้ไขก็คือการให้ความรู้พื้นฐานเพิ่มเติมเกี่ยวกับพี. คิวเบนซิสสายพันธุ์ Envy Envy (PE) โดยเฉพาะอย่างยิ่งต้นกำเนิดที่ถูกกล่าวหาของการกลายพันธุ์ของ PE และการแพร่กระจายของโคลนที่เป็นไปได้ แม้ว่าจะเป็นเรื่องราวเล็กๆ น้อยๆ ที่ดีที่สุด แต่ "การกลายพันธุ์" ในตำนานของ PE ก็ปรากฏขึ้น และได้รับเลือกจากฟีโนไทป์ของชาวอะเมซอนพี. คิวเบนซิสภาคยานุวัติในฐานะร่างผลสูงตระหง่านที่มีหมวกสีซีดและไม่มีม่านบางส่วน ซึ่งต่อมาถูกเก็บรักษาไว้โดยการขยายพันธุ์แบบโคลนอล สายพันธุ์กลายยังได้รับการอธิบายว่ามีศักยภาพมากกว่าคนอื่นๆ ส่วนใหญ่พี. คิวเบนซิสทำให้เกิดความเครียด ซึ่งนำไปสู่สมมติฐานที่ว่ามีอัตราส่วนยาต่อโพรดรักที่บิดเบี้ยว (ไซโลซิน/ไซโลไซบิน) ซึ่งจะบ่งบอกถึงการกลายพันธุ์ในยีน psiK เมื่อเทียบกับการแทรกซึมขนาดใหญ่ใน psiM

กลไกสมมุติฐานอื่น ๆ อาจเป็นความหลากหลายที่ตำแหน่งอื่นที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางการสังเคราะห์ทางชีวภาพของแอลเอส เช่นเดียวกับยีนเสริมที่เกี่ยวข้องในเส้นทางกอบกู้ SAM (เช่นอ้างอิง 1) รายการของ SNP เชิงฟังก์ชันเชิงสมมุติที่อาจโต้ตอบกับการแทรกขนาดใหญ่แสดงไว้ที่นี่จาก รุ่นก่อนหน้าของพี. คิวเบนซิสจีโนม การสร้างจีโนไทป์หลายสายพันธุ์ที่การแทรก 4.6kb และ SNP เสริมอาจช่วยให้กระจ่างเกี่ยวกับกลไกเบื้องหลังการรับรู้ศักยภาพที่สูงขึ้นของ PE เมื่อเปรียบเทียบกับสายพันธุ์อื่นพี. คิวเบนซิสและสายพันธุ์อื่นๆในไซโลไซบีและพานาโอลัสประเภท ในแง่นั้น ผู้เขียนอาจได้รับข้อมูลเชิงลึกเพิ่มเติมโดยรวมP. serbica var bohemicaจีโนมสำหรับการวิเคราะห์เปรียบเทียบ โดยมีเงื่อนไขว่าข้อมูลทางเคมีที่เกี่ยวข้องกับแต่ละภาคยานุวัตินั้นมีให้พร้อม

ตำแหน่งโหนด ยีนเป้าหมาย พัฒนาการ

NODE_599 19295 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 19304 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 19415 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 19421 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 19744 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 19746 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 20318 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 20779 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 20801 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_599 20840 สหเอส อะดีโนซิล-แอล-โฮโมซิสเทอีน ไฮโดรเลส

NODE_6392 313322 แซมเอส อะดีโนซิล เมไทโอนีน ซินเทเตส

NODE_6392 314122 แซมเอส อะดีโนซิล เมไทโอนีน ซินเทเตส

NODE_6392 314300 แซมเอส อะดีโนซิล เมไทโอนีน ซินเทเตส

NODE_712 1234504 metS l‐methionine synthetase

NODE_755 63920 psiD ทริปโตเฟน ดีคาร์บอกซิเลส

NODE_755 64575 psiD ทริปโตเฟน ดีคาร์บอกซิเลส

NODE_755 64576 psiD ทริปโตเฟน ดีคาร์บอกซิเลส

NODE_755 65088 psiD ทริปโตเฟน ดีคาร์บอกซิเลส

NODE_755 65181 psiD ทริปโตเฟน ดีคาร์บอกซิเลส

NODE_755 61250 psiM เมทิลทรานสเฟอเรส

NODE_755 61711 psiM เมทิลทรานสเฟอเรส

NODE_755 62335 psiM เมทิลทรานสเฟอเรส

NODE_755 58208 psiT2 ตัวขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 58407 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 58772 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 58883 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59054 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59321 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59372 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59426 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59484 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59492 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59504 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59522 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59537 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59540 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59566 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59594 psiT2 ตัวขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59648 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59694 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59771 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59869 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 59875 psiT2 อุปกรณ์ขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 56543 psiH P450 โมโนออกซีจีเนส

NODE_755 54126 psiK ไคเนส

NODE_755 54132 psiK ไคเนส

NODE_755 54136 psiK ไคเนส

NODE_755 54159 psiK ไคเนส

NODE_755 54213 psiK ไคเนส

NODE_755 54223 psiK ไคเนส

NODE_755 54311 psiK ไคเนส

NODE_755 51932 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 52391 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 52473 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 52477 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 52491 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 52620 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 52688 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 52787 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

NODE_755 52793 psiT1 รถขนส่งประเภทผู้อำนวยความสะดวกหลัก

มีรายละเอียดวิธีการและวัสดุเพียงพอที่จะทำให้ผู้อื่นสามารถทำซ้ำได้หรือไม่?

ใช่

เหตุผลในการสร้างชุดข้อมูลอธิบายไว้ชัดเจนหรือไม่

ใช่

ชุดข้อมูลมีการนำเสนออย่างชัดเจนในรูปแบบที่ใช้งานได้และเข้าถึงได้หรือไม่

ใช่

โปรโตคอลมีความเหมาะสมและงานนั้นดีทางเทคนิคหรือไม่?

ใช่

ความเชี่ยวชาญของผู้ตรวจสอบ:

พันธุศาสตร์ประชากร จีโนไทป์-เคมีไทป์

เรายืนยันว่าเราได้อ่านข้อเสนอนี้แล้ว และเชื่อว่าเรามีความเชี่ยวชาญในระดับที่เหมาะสมเพื่อยืนยันว่ามีมาตรฐานทางวิทยาศาสตร์ที่ยอมรับได้

อ้างอิง

1.-S ‐Adenosyl‐l ‐Methionine Salvage ส่งผลกระทบต่อการก่อตัวของ Psilocybin ในเห็ด "Magic"-เคมไบโอเคม.2020;21-9) :10.1002/cbic.2019006491364-1371 10.1002/cbic.201900649-บทความฟรี PMC--ผับเมด-CrossRef--Google Scholar-

เจสัน สล็อต-ผู้ตัดสิน1

1ภาควิชาโรคพืช, The Ohio State University, โคลัมบัส, โอไฮโอ, สหรัฐอเมริกา

การแข่งขันความสนใจ:ไม่มีการเปิดเผยผลประโยชน์ที่แข่งขันกัน

วันที่ตรวจสอบ: 26 เม.ย. 2021 สถานะ: ได้รับการอนุมัติพร้อมการจองดอย:10.5256/f1000การวิจัย54802.r83396

ลิขสิทธิ์: © 2021 Slot J

นี่เป็นรายงานการตรวจสอบโดยผู้ทรงคุณวุฒิที่เข้าถึงได้แบบเปิดซึ่งเผยแพร่ภายใต้เงื่อนไขของ Creative Commons Attribution Licence ซึ่งอนุญาตให้ใช้ แจกจ่าย และทำซ้ำได้อย่างไม่จำกัดในสื่อใดๆ โดยมีเงื่อนไขว่างานต้นฉบับได้รับการอ้างอิงอย่างถูกต้อง

สรุป:

ต้นฉบับนำเสนอชุดประกอบคุณภาพสูงของเชื้อราที่มีความสำคัญทางประวัติศาสตร์และทางการแพทย์Psilocybe cubensis- แนวปฏิบัติที่ดีที่สุดถูกสังเกตในการจัดลำดับ การประกอบ และคำอธิบายประกอบ ต้นฉบับบันทึกการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างที่อาจสำคัญที่มีอยู่ในป.อิจฉายีน Psilocybin N-methyltransferase สายพันธุ์ซึ่งมีลักษณะคล้ายกับการเปลี่ยนแปลงในยีนที่มีศักยภาพมากกว่าโดยปริมาณ PsilocybinPsilocybe ไซยาเนสเซน-

  • เหตุผลในการสร้างชุดข้อมูลอธิบายไว้ชัดเจนหรือไม่

การศึกษานี้ดำเนินการเพื่อให้มีจีโนมอ้างอิงคุณภาพสูงสำหรับสายพันธุ์นี้ จนถึงปัจจุบัน จีโนมในสปีชีส์และสกุลมีการแยกส่วนมากกว่าที่ต้องการสำหรับการตรวจสอบเชิงเปรียบเทียบขั้นพื้นฐานและประยุกต์ของเนื้อหาจีโนมและสถาปัตยกรรม

  • โปรโตคอลมีความเหมาะสมและงานนั้นดีทางเทคนิคหรือไม่?

วิธีการ HiFi ของ Pacific Biosciences Sequel II ที่ใช้สำหรับการจัดลำดับเป็นหนึ่งในวิธีที่ดีที่สุดในการสร้างการประกอบระดับใกล้โครโมโซม การประกอบดำเนินการด้วย Peregrine Assembler ที่ล้ำสมัย และคำอธิบายประกอบได้ใช้ไปป์ไลน์ FunAnnotate เฉพาะเชื้อราอย่างเหมาะสม Single nucleotide polymorphisms (SNP) ถูกเรียกด้วยซอฟต์แวร์ที่เหมาะสม แต่พารามิเตอร์ไม่มีรายละเอียดในข้อความ การเปลี่ยนแปลงนี้และโครงสร้างไม่ได้ตั้งใจให้ละเอียดถี่ถ้วน แต่ให้สถิติและตัวอย่างที่น่าสนใจเพื่อรับประกันการสืบสวนติดตามผล

  • มีรายละเอียดวิธีการและวัสดุเพียงพอที่จะทำให้ผู้อื่นสามารถทำซ้ำได้หรือไม่?

พารามิเตอร์สำหรับการเรียก SNP จะต้องมีรายละเอียดเพิ่มเติมเพื่อให้สามารถจำลองหมายเลข SNP แบบดิบระหว่างสองแยกได้

  • ชุดข้อมูลมีการนำเสนออย่างชัดเจนในรูปแบบที่ใช้งานได้และเข้าถึงได้หรือไม่

รูปที่ 1 และทั้งสองตารางมีความชัดเจนและให้ข้อมูล ความสามารถในการอ่านของรูปที่ 2 จะได้รับการปรับปรุงโดยการเพิ่มขนาดของชื่อแกน รูปที่ 3 ไม่มีข้อมูลเพียงพอที่จะเข้าใจความหมายได้ง่ายดังที่นำเสนออยู่ในปัจจุบัน ตัวเลขนี้จะได้รับประโยชน์จากการทำเครื่องหมาย "แทร็ก" อย่างชัดเจน แต่อาจเป็นตัวเลขและอาจมีป้ายกำกับเพิ่มเติมสำหรับ RNAseqP. ไซยาเนสเซนและคำอธิบายประกอบเนื่องจากจอแสดงผล IGV เล็กเกินกว่าจะอ่านได้เหมือนเดิม มีความสำคัญต่อสถานที่ที่แสดงในรูปที่ 3 หรือไม่? ถ้าไม่เช่นนั้นก็แสดงว่าเป็นตำแหน่ง "ตัวแทน"

ความคิดเห็นอื่น ๆ:

  • ชื่อเรื่องอาจจะดูลื่นไหลได้ดีกว่าในชื่อ "Aร่างอ้างอิงแอสเซมบลีของ..."

  • ในบทนำ คำว่า "เห็ดหลายชนิด" อาจจะเรียกว่า "เห็ดประมาณ 200 สายพันธุ์" ก็ได้

  • ในบทนำ " fungi's " น่าจะถูกต้องตามหลักวากยสัมพันธ์มากกว่า "fungus"

  • เนื่องจากมีการใช้ก้านแห้งเพื่อแยก DNA ของจีโนม จึงคาดว่าอาจมี DNA ของจุลินทรีย์เพิ่มเติมอยู่บ้าง ผู้เขียนควรทราบว่าเห็ดนั้นผลิตขึ้นโดยไม่ได้ตั้งใจ หรือหากการอ่านค่าสารปนเปื้อนถูกกรองเพื่อป้องกันหรือระบุถึงการมีอยู่ของจีโนมของสายพันธุ์เพิ่มเติมในการประกอบ

  • การอ้างอิงไม่สมบูรณ์ในประโยคสุดท้ายของส่วน "การประกอบและคำอธิบายประกอบ" และประโยคที่สองของส่วน "การเปลี่ยนแปลงโครงสร้าง"

มีรายละเอียดวิธีการและวัสดุเพียงพอที่จะทำให้ผู้อื่นสามารถทำซ้ำได้หรือไม่?

บางส่วน

เหตุผลในการสร้างชุดข้อมูลอธิบายไว้ชัดเจนหรือไม่

ใช่

ชุดข้อมูลมีการนำเสนออย่างชัดเจนในรูปแบบที่ใช้งานได้และเข้าถึงได้หรือไม่

บางส่วน

โปรโตคอลมีความเหมาะสมและงานนั้นดีทางเทคนิคหรือไม่?

ใช่

ความเชี่ยวชาญของผู้ตรวจสอบ:

นิเวศวิทยาของเชื้อรา จีโนมิกของจุลินทรีย์ วิวัฒนาการ เมแทบอลิซึม

ฉันยืนยันว่าฉันได้อ่านข้อเสนอนี้แล้ว และเชื่อว่าฉันมีความเชี่ยวชาญในระดับที่เหมาะสมเพื่อยืนยันว่ามีมาตรฐานทางวิทยาศาสตร์ที่ยอมรับได้ อย่างไรก็ตาม ฉันมีข้อสงวนที่สำคัญตามที่ระบุไว้ข้างต้น

เควิน แมคเคอร์แนน

เควิน แมคเคอร์แนน,บริษัท เมดิคอล จีโนมิกส์ คอร์ปอเรชั่น สหรัฐอเมริกา;

การแข่งขันความสนใจ:ไม่มีการเปิดเผยผลประโยชน์ที่แข่งขันกัน

ผู้วิจารณ์ให้คะแนนที่ดีเยี่ยม เราจะทำการเปลี่ยนแปลงที่แนะนำเหล่านี้กับต้นฉบับฉบับสุดท้าย

บทความจากF1000การวิจัยได้รับความอนุเคราะห์จากเอฟ1000 รีเสิร์ช จำกัด

ร่างสภาอ้างอิงของ
จีโนม Psilocybe cubensis (2024)

References

Top Articles
Latest Posts
Article information

Author: Madonna Wisozk

Last Updated:

Views: 6437

Rating: 4.8 / 5 (68 voted)

Reviews: 91% of readers found this page helpful

Author information

Name: Madonna Wisozk

Birthday: 2001-02-23

Address: 656 Gerhold Summit, Sidneyberg, FL 78179-2512

Phone: +6742282696652

Job: Customer Banking Liaison

Hobby: Flower arranging, Yo-yoing, Tai chi, Rowing, Macrame, Urban exploration, Knife making

Introduction: My name is Madonna Wisozk, I am a attractive, healthy, thoughtful, faithful, open, vivacious, zany person who loves writing and wants to share my knowledge and understanding with you.